在前作中，也就是《爱丽斯梦游仙境》和《爱丽丝镜中奇遇》结束后，爱丽丝的家人在火灾中死亡，结果生还的爱丽丝因此精神错乱，就这样被关进了把病人当白老鼠的精神病院。在病院的这段时间她又再次来到了仙境，结果仙境已变得丑陋不堪、乌烟瘴气，爱丽丝得知必须对抗红心女王才能拯救仙境。随着同伴的协助和牺牲，爱丽丝最后成功战胜心魔，仙境就此得到救赎，爱丽丝也康复离开了这个病态的精神病院。 然而过了1年，爱丽丝了解到过去所作的事，并不能真的抚平内心的伤痛，她必须要回到那再次变的面目全非的仙境，并找出家人死亡的真相。